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2023-24

Efficient light conversion base on engineered bio-hybrid photosystems, Sara H Mejias (IMDEA Nanociencia)

Discovery of new sequential antibiotic therapies through high-throughput experiments, Saúl Ares (CNB-CSIC) & Pablo Catalán (Universidad Carlos III de Madrid )

Dissipative self assembly of FtsZ over lipid bilayers, Marisela Vélez (Instituto de Catálisis y Petroleoquímica, CSIC)

Mechanical characterization of proteins relevant to cardiac function by single-molecule force spectroscopy techniques, Jorge Alegre, Elias Herrero (CNIC)

Single molecule characterization of the human mitocondrial DNA replication dynamics, Borja Ibarra (IMDEA Nanociencia)

Development Of High Performance Regenerated Silk Fibers For The Construction Of Vascularized Tissue Scaffolds, José Pérez Rigueiro (Centro De Tecnología Biomédica (Universidad Politécnica De Madrid)

How much force is needed to kill a single bacterium?, Cristina Flors, IMDEA Nanociencia

Group selection in microbial communities, Alberto Pascual (CNB-CSIC) & Raul Guantes (Facultad de Ciencias, IFIMAC-UAM)

Prediction of community-level function in microbial communities
Alberto Pascual & Juan Diez-Colunga (CNB-CSIC)

Investigating mechanisms explaining coexistence in microbial communities: focusing on ecological interactions, Alberto Pascual (CNB-CSIC) & Raul Guantes (Facultad de Ciencias, UAM) & Ugo Bastolla (CBMSO, CSIC)

Researching symmetry and asymmetry in brain connectomes, Luís F Seoane, (CNB-CSIC)

Computational analysis of complex responses to drug treatment, David G. Míguez, CBMSO-IFIMAC-UAM)

Dynamics of proliferation and differentiation of stem cells, David G. Míguez, CBMSO-IFIMAC-UAM)

Liberación mecánica de los ácidos nucleicos de virus individuales utilizando el microscopio de fuerzas en medio líquido, Pedro J. De Pablo (Facultad de Ciencias, IFIMAC-UAM)

Mechanical characteriza-on of membranes by oscillatory electrodeforma-on of vesicles (Paula Magrinya and Laura R. Arriaga, IFIMAC-UAM)

Emergent Computations in Artificial Neural Networks and the Brain, Nestor Parga and Luis Serrano Fernández (Facultad de Ciencias, UAM)

Harnessing Viral Replication for nano fabrication  (Filip Lim, Departamento de Biología Molecular, UAM).

Limits of prediction in Biology (Juan Poyatos, CNB-CSIC )

Exploring frontiers in proton therapy (Célia Tavares de Sousa, Facultad de Ciencias, Departamento de Física Aplicada, UAM. Belén Cortés Llanos, Centro de Micro-Análisis de Materiales (CMAM – UAM))

Ingeniería de Virus y Nanotecnología (Alejandro Valbuena Jiménez, Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa”, CSIC)

Single molecule approaches to study DNA repair by DNA-end processing and joining (Fernando Moreno-Herrero, National Center of Biotechnology, CNB-CSIC)

Improving phylogenetic inference of protein evolution through a structurally constrained model of protein evolution based on torsional normal modes (Ugo Bastolla, CBMSO-CSIC)

 

 

2022-23

Modelación de la producción de vectores génicos (Filip Lim, Departamento de Biología Molecular, UAM).

Inteligencia artificial aplicada a detección de neuronas en imágenes de microscopía (Maria Llorens, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, UAM)

Balance entre proliferación y diferenciación de células madre (David Míguez, Systems Biology lab, UAM).

DENTIFICACIÓN MEDIANTE MICROSCOPÍA DE FUERZA ATÓMICA DE PROTEÍNAS DE ADHESIÓN EN CÉLULAS MADRE MESENQUIMALES (JOSÉ PÉREZ RIGUEIRO, CENTRO DE TECNOLOGÍA BIOMÉDICA (UNIVERSIDAD POLITÉCNICA DE MADRID)

Dynamical couplings between functional sites of protein complexes with the torsional network model (TNM) (Ugo Bastolla, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, UAM)

Dinámica de replicación del genoma mitocondrial humano (Borja Ibarra, IMDEA Nanociencia, UAM)

Protein structure evolution and protein structure aware substitution models for phylogenetic inference (Ugo Bastolla, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, UAM)

Dopamina, su función durante el aprendizaje y en la motivación (Néstor Parga Carballeda
Departamento de Física Teórica, UAM)

Simulation and analysis of evolutionary models of cancer progression and adaptive therapy (Ramón Diaz-Uriarte, Departamento de Bioquímica, UAM)

Desempaquetamiento mecánico de los acidos nucleicos de virus individuales: Física
Virológica con Microscopía de Fuerzas Atómicas (AFM) (Pedro J. de Pablo, Departamento de Física de la materia Condenada, UAM)

Autoensamblaje disipativo de FtsZ sobre bicapas lipídicas (Marisela Velez, Instituto de Catálisis y Petroleoquímica, CSIC, UAM)

Pleiotropía y robustez en sistemas Biológicos (Juan Poyatos, CNB-CSIC, UAM)

BIOLOGICAL EVOLUTION AND THE GENOTYPE-PHENOTYPE MAP (Pablo Catalán,Dpto. de Matemáticas, Universidad Carlos III de Madrid)

Aprendizaje en el Cerebro y en Inteligencia Artificial (Nestor Parga, Departamento de Física Teórica,  Universidad Autónoma de Madrid)

Estudio de movimientos celulares y fuerzas durante en desarrollo embrionario  (Nicole Gorfinkiel, Departamento de Genética, Fisiología y Microbiología, Universidad Complutense de Madrid)

Connecting mechanics and metabolism in models of cellular growth (Saúl Ares y James Pelletier, Department of Systems Biology, CNB – CSIC)

Studies on bacterial conjugation: RNAseq analysis (David Alvia y Wilfried Meijer, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, CSIC)

Estudio de los efectos mecánicos de la glicación de proteínas nucleares por microscopía de fuerza atómica (Andra Dumitru y Jorge Alegre Cebollada, Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares)

Linking the circadian clock with plant growth: a mathematical model (Saúl Ares (CNB) y Pablo Catalán, Universidad Carlos III de Madrid)

2021-22

Estudio de la dinámica de proliferación y diferenciación de células madre (David Míguez, Systems Biology lab, UAM).

Desarrollo de fibras de seda regenerada de altas prestaciones funcionalizadas para aplicaciones biomédicas (JOSÉ PÉREZ RIGUEIRO / ALEJANDRO BAEZA GARCÍA, CENTRO DE TECNOLOGÍA BIOMÉDICA (UNIVERSIDAD POLITÉCNICA DE MADRID).

Simulation and analysis of evolutionary models of cancer progression and adaptive therapy (Ramon Diaz-Uriarte, Departamento de Bioquímica (UAM))

Desempaquetamiento mecánico de los acidos nucleicos de virus individuales: Física Virológica con Microscopía de Fuerzas Atómicas (AFM) y microscopia de fluorescencia (Pedro J. de Pablo, Fisica de la Materia Condensada, UAM)

Dynamical couplings between functional sites of protein complexes with the torsional network model (TNM) (Ugo Bastolla, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, UAM)

Protein structure evolution and protein structure aware substitution models for phylogenetic inference (Ugo Bastolla, Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, UAM)

2020-21

CIC biomaGUNE Master’s Students Program 2020 Call  (6 projects offered for Master Thesis in CIC biomaGUNE, and 3 scholarships available, until September 15th).

Sequence dependence of mechanical properties of DNA studied via molecular simulations (Salvatore Assenza and Rubén Pérez, UAM).

Simulation and analysis of evolutionary models of cancer progression and adaptive therapy (Ramón Díaz Uriarte, UAM).

Mitochondrial DNA replication dynamics (Borja Ibarra, IMDEA-Nanociencia).

Nanotecnología y Biofísica de Virus (Alejandro Valbuena, CBM).

Single‐molecule studies of molecular interactions at the interface. Experiments and simulations (José Requejo Isidro, CNB).

Desempaquetamiento mecánico de los ácidos nucleicos de virus individuales (Pedro J. de Pablo, Physical virology lab, UAM).

Estudio de la dinámica de proliferación y diferenciación de células madre (David Míguez, Systems Biology lab, UAM).

Aplicación de redes complejas a la modelización de procesos astrobiológicos, tecnológicos y sociales (Jacobo Aguirre, INTA).

Supported Lipid Bilayers by Atomic Force Microscopy (Ignacio Casuso, INSERM, Marseille and Pedro J. de Pablo, UAM).

When cell motion becomes sticky through integrin-fibrinogen interactions (Laura R. Arriaga and Juan L. Aragonés, UAM).

Simulando el cerebro con Machine Learning (Néstor Parga, UAM)

Dynamical couplings between functional sites of protein complexes (Ugo Bastolla, CBM-CSIC).

Structural evolution of proteins (Ugo Bastolla, CBM-CSIC).

2019-20

Biofísica de virus y sus aplicaciones nanotecnológicas (Alejandro Valbuena, CBM).

Single molecule approaches to study telomere replication and maintenance (Fernando Moreno, CNB).

Magnetic Tweezers approaches to study DNA repair by DNA-end joining (Fernando Moreno, CNB).

Estudio del proceso de ensamblaje de la fibroína de la seda mediante AFM. (Rafael Daza, CTB-UPM).

2018-19

Aplicación de redes complejas a la modelización de procesos biológicos, tecnológicos y sociales (Jacobo Aguirre, CNB).

Simulation and analysis of evolutionary models of cancer progression (Ramón Díaz-Uriarte, UAM).

Locomotion in complex environments (Juan Luis Aragonés, UAM).

Effects of an amyloidogenic protein on the structure of DNA (Veronique Arluison, Université Paris Diderot).

Effects of binding ligands and architectural proteins on dynamics, flow, and gelation of DNA (Jean François Berret, Université Paris Diderot).

Living cell nano mechanics (Ricardo García, Instituto de Ciencia de Materiales, CSIC).

Effect of forces during stem cell differentiation (David Míguez, Centro de Biología Molecular Severo Ochoa).

Controlled adsorption of icosahedral virus capsids through local surface functionalization with triethoxy-octyl-silane (Miguel Manso, Dpto de Física Aplicada y Pedro J. de Pablo, Dpto de Física de la Materia Condensada, UAM).

Protein engineering of cas9 to improve its delivery in gene editing therapies  (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

In silico structural analysis of a bacterial amyloid peptide (Gautier Moroy, Université Paris Diderot).

Single‐molecule studies of molecular interactions at the interface. Experiments and simulations (José Requejo Isidro, Centro Nacional de Biotecnología/IMDEA Nanociencia).

Single Molecule Optical Spectroscopy of Protein Interactions in the Pyruvate Dehydrogenase (PDH) Multienzyme complex (Luis A. Campos, Centro Nacional de Biotecnología/IMDEA Nanociencia).

Aprendizaje en redes de neuronas con arquitectura recurrente (Néstor Parga, Departamento de Física Teórica).

AFM and magnetic tweezers approaches to study single RNA and DNA molecules (Fernando Moreno, Centro Nacional de Biotecnología).

Ingeniería de Virus y Nanobiotecnología  (Alejandro Valbuena, Centro de Biología Molecular ‘Severo Ochoa’).

Efectos del estrés térmico mediado por nanopartículas magnéticas sobre la viabilidad y expresión de genes en células cancerígenas (Francisco José Terán, IMDEA Nanociencia).

2017-18

Aplicación de redes complejas a la modelización de procesos biológicos evolutivos (Jacobo Aguirre, CNB).

Effects of binding ligands and Architectural proteins on dynamics, flow, and gelation of DNA (Veronique Arluison, Université Paris Diderot).

3D micropattern platform for biomechanical and molecular analysis in intestinal cancer  (Fernando Martín Belmonte, Centro de Biología Molecular ‘Severo Ochoa’).

Understanding restrictions in the order of accumulation of driver mutations in cancer (Ramón Díaz-Uriarte, UAM).

Optical manipulation of biocompatible nanoparticles with functional capacity inside the cell (Ricardo Arias, IMDEA Nanociencia).

Single-molecule manipulation of non-canonical RNA structures (Ricardo Arias, IMDEA Nanociencia).

Protein engineering of cpf1 to improve its delivery in gene editing therapies (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

Effect of N- and C- terminal domains of α-synuclein on amyloid fibres assembly (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

Laboratorio de Biomateriales e Ingeniería Regenerativa del CENTRO DE TECNOLOGÍA BIOMÉDICA de la Universidad Politécnica de Madrid (varios).

2016-17

Aplicación de redes complejas a la modelización de procesos biológicos evolutivos (Jacobo Aguirre, Centro Nacional de Biotecnología).

Diseño de bioconjugados de oro y Hsp60 para la entrega de antígenos y siRNAs a Células Dendríticas (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

A novel framework to investigate mechanical alterations in proteins associated with hypertrophy cardiomyopathy (Jorge Alegre Cebollada, CNIC).

Aprendizaje en modelos de redes corticales (Nestor Parga, UAM).

Restrictions in the order of accumulation of driver mutations in cancer (Ramón Díaz-Uriarte, UAM).

Nolinealidades en la respuesta a tratamiento anticancer  (David Míguez, UAM).

Single-molecule manipulation of non-canonical RNA structures  (Ricardo Arias, IMDEA Nanociencia).

A model to understand the resistance of cancer cells to chemotherapy  (Raúl Guantes, UAM).

Dinámica de replicación del genoma mitocondrial (Borja Ibarra, IMDEA Nanociencia).

Protein engineering for functional nanostructure and material (Aitziber L. Cortajarena,  CIC-biomaGUNE, San Sebastian).

Biofunctionalization of nanoparticles and surfaces for biomedical applications (Aitziber L. Cortajarena,  CIC-biomaGUNE, San Sebastian).

Microscopía de fuerzas magnéticas en sistemas con interés biológico (Miriam Jaafar, UAM).

Dinámica de proteínas en su estado nativo con modelos de red elástica y extensiones anarmónicas (Ugo Bastolla, CBM)

2015-16

Biofísica Molecular de proteínas reparadoras de ADN (Fernando Moreno Herrero, CNB).

Using next-generation sequencing (NGS) to discover long non-coding RNAs (lncRNAs) acting as oncogenes or tumor supressors in breast cancer (Ramón García Escudero, CIEMAT).

Bioinformatics methods for the identification of the order of driver alterations in cancer (Ramón Díaz, Fac. Medicina, UAM)

Structure and function of molecular chaperones (José María Valpuesta, CNB)

Single-molecule manipulation of non-canonical RNA structures (Optical Nanomanipulation Lab, IMDEA Nanociencia).

Diseño de bioconjugados de oro y Hsp60 para la entrega de antígenos y siRNAs a Células Dendríticas (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

Correlaciones evolutivas, dinámicas y energéticas para el estudio de la estructura y la función de las proteínas (Ugo Bastolla, Unidad de Biocomputación, CBM)

Metagenómica de DNA de virus en regiones polares (Antonio Alcamí, CBM).

2014-15

Nano-motores biológicos y pinzas ópticas (Borja Ibarra lab)

Bioinformatics methods for the identification of the order of driver alterations in cancer (Ramón Díaz, Fac. Medicina, UAM)

Structural and functional characterization of molecular chaperones (Valpuesta lab)

Origins and consequences of variability in cell populations (Raúl Guantes, Biodynamics Lab)

Physical virology (Pedro J de Pablo, Physical Virology Group)

Migración celular (Miguel Manso, Dpto. de Física Aplicada)

Protein engineering and biofunctionalized nanostractures (Aitziber L. Cortajarena, IMDEA Nanociencia)

Diseño de bioconjugados de oro y Hsp60 para la entrega de antígenos y siRNAs a Células Dendríticas (Begoña Sot, IMDEA Nanociencia).

High Force Magnetic Tweezers (Fernando Moreno, Centro Nacional de Biotecnología, CSIC).

Magnetic nanoparticles for cell internalization (Francisco Terán, IMDEA Nanociencia)